Se Bangfai bắt nguồn từ dãy Trường Sơn ở biên giới Lào-Việt, tại muang Bualapha tỉnh Khammouan, giáp với xã Lâm Thủy, huyện Lệ Thủy tỉnh Quảng Bình, Việt Nam. 17°3′1″B 106°20′54″Đ / 17,05028°B 106,34833°Đ / 17.05028; 106.34833 (Se Bangfai)

Đầu tiên dòng chảy có hướng đông nam - tây bắc, sau đó đổi hướng tây, và từ muang Mahaxay thì đổi sang hướng tây nam. 17°29′57″B 105°19′5″Đ / 17,49917°B 105,31806°Đ / 17.49917; 105.31806 (Se Bangfai)

Tại muang Nongbok tỉnh Khammouan, sông là ranh giới với tỉnh Savannakhet, và đổ vào sông Mê Kông.

Một phụ lưu quan trọng của nó là Xe Noy. 17°6′20″B 105°10′23″Đ / 17,10556°B 105,17306°Đ / 17.10556; 105.17306 (Se Noy)